หลังการลงนามในข้อตกลงสันติภาพปารีสในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2534 เซนและเขียว สัมพันได้เดินทางมายังพนมเปญเพื่อเจรจากับอันแทคและรัฐบาลที่พนมเปญ เซนได้เป็นสมาชิกสภาสูงสุดแห่งชาติกัมพูชาที่จัดตั้งขึ้นเพื่อรับประกันความเป็นเอกราชจนกว่าจะถึงการเลือกตั้งที่จัดโดยอันแทค อย่างไรก็ตาม เซนถูกปลดออกจากอำนาจในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2535 โดยตา ม็อกและเขมรแดงยุติการเจรจาและไม่เข้าร่วมการเลือกตั้ง ตั้งแต่พ.ศ. 2535 – 2540 บทบาทของซอน เซนในเขมรแดงลดลง

เซนถูกฆ่าเมื่อ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2540 พร้อมกับสมาชิกในครอบครัวอีก 13 คนทั้งผู้หญิงและเด็ก โดยพล พตเป็นผู้สั่ง ซึ่งเป็นช่วงที่เขาพยายามต่อสู้เพื่อรื้อฟื้นอำนาจในการควบคุมเขมรแดงจากตา ม็อก[8] พล พตเชื่อว่าเซนลอบเจรจากับฝ่ายรัฐบาลผ่านทางฮุน เซน พล พตจึงสั่งให้นำเซนและครอบครัวไปยิงทิ้งแล้วใช้รถบรรทุกวิ่งทับ[9]